Konsep farmakofor pertama kali diperkenalkan pada tahun 1909 oleh Ehrlich yang mendefinisikan farmakofor sebagai kerangka molekul yang membawa (phoros) fitur penting yang bertanggungjawab terhadap aktivitas biologis obat (Hamzah, et al, 2015).
Farmakofor menurut IUPAC adalah faktor sterik dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan terjadinya interaksi molekuler secara optimal dengan struktur target biologis spesifik sebagai penginduksi atau penghambat respon biologis (Hamzah, et al, 2015).
Farmakofor adalah susunan tiga dimensi dari atom dalam molekul obat yang memungkinkan untuk berikatan dengan reseptor yang diinginkannya dan bertanggung jawab dengan respon biologis karena terikat dengan reseptor yang dikehendakinya.
“Jika ada senyawa-senyawa yang memiliki farmakofor yang sama, maka efek yang dihasilkan juga sama”.
Reseptor obat adalah suatu makromolekul jaringan sel hidup, mengandung gugus fungsional atau atom-atom terorganisasi, reaktif secara kimia dan bersifat spesifik, dapat berinteraksi secara reversibel dengan molekul obat yang mengandung gugus fungsional spesifik, menghasilkan respons biologis yang spesifik pula.
Ada beberapa ikatan yang mendasari identifikasi farmakofor, yaitu :
a. Ikatan Kovalen
Ikatan kovalen terbentuk bila ada dua atom saling menggunakan sepasang elektron secara bersama-sama. Ikatan kovalen merupakan ikatan kimia yang paling kuat dengan rata-rata kekuatan ikatan 1000 kkal/mol. Dengan kekuatan ikatan yang tinggi ini, pada suhu normal ikatan bersifat ireversibel dan hanya dapat pecah bila ada pengaruh katalisator enzim tertentu. Interaksi obat-katalisator melalui ikatan kovalen menghasilkan kompleks yang cukup stabil dan sifat ini dapat digunakan untuk tujuan pengobatan tertentu.
b. Ikatan ion
Ikatan ion adalah ikatan yag dihasilkan oleh daya tarik menarik elektrostatik antara ion-ion yang muatannya berlawanan. Kekuatan tarik-menarik akan makin berkurang bila jarak antar ion makin jauh dan pengurangan tersebut berbanding terbalik dengan jaraknya.
c. Ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen adalah suatu ikatan antara atom H yang mempunyai muatan positif parsial dengan atom lain yang bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas dengan oktet lengkap seperti O, N, F. Atom yang bermuatan positif parsial dapat berinteraksi dengan atom negatif parsial dari molekul atau atom lain yang berbeda ikatan kovalennya dalam satu molekul.
Contoh : H2O
d. Ikatan Van Der Waal’s
Ikatan van der waal’s merupakan kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya berdekatan atau jaraknya ± 4-6 Å. Ikatan ini terjadi karena sifat kepolarisasian molekul atau atom. Meskipun secara individu lemah tetapi hasil penjumlahan ikatan van del waal’s merupakan faktor pengikat yang cukup bermakna terutama untuk senyawa-senyawa yang mempunyai berat molekul tinggi. Ikatan van der waal’s terlibat pada interaksi cincin benzen dengan daerah bidang datar reseptor dan pada interaksi rantai hidrokarbon dengan makromolekul protein atau reseptor.
REFERENSI
Hamzah, N. A., Najib., N, Tharir., dan I, Misqawati. 2015. Studi Farmakofor Reseptor COX-2 Sebagai Anti Inflamasi. Jurnal Farmasi. Vol. 2(3).
Siswandono dan Bambang, S. 2000. Kimia Medisinal. Surabaya : Airlangga University Press.
Pertanyaan
1. Apa perbedaan dari 4 ikatan yang mendasari identifikasi farmakofor tersebut ?
2. Bagaimana cara identifikasi farmakofor ?
3. Apa hubungan antara konformasi aktif dengan struktur 3 dimensi farmakofor ?
4. Contoh senyawa yang memiliki farmakofor yang sama dan efek yang sama ?
assalamualaikum aziz. saya tertarik untuk menjawab pertanyaan nomor 1, yaitu:
BalasHapusperbedaan ikan ion, ikatan kovalen dan ikatan van der waal’s
1. Ikatan ion adalah ikatan yang dihasilkan oleh daya tarik menarik elektrostatik antara ion-ion yang muatannya berlawanan (+)dan (-), dimana kekuatan tarik menarik akan semakin berkurang bila jarak antar ion makin jauh dan pengurangan tersebut berbanding terbalik dengan jaraknya.
2. sedangkan Ikatan van der waal’s merupakan kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya berdekatan ,Ikatan ini terjadi karena sifat kepolarisasian molekul atau atom. Ikatan kovalen terbentuk bila ada dua atom saling menggunakan sepasang elektron secara bersama-sama.
.baiklah kk akan menjawab pertanyaan saudara nomor 2 yaitu Mendefinisikan kelompok-kelompok penting yang terlibat dalam pengikatan
BalasHapus2. Mendefinisikan posisi relatif dari kelompok pengikat
3. Perlu diketahui konformasi aktif
4. Penting untuk mendesain dari suatu obat
5. Penting untuk penemuan obat
Hay Aziz saya coba bantu jawab pertanyaannya yaa
BalasHapusNomor 1
a. Ikatan Kovalen
Ikatan kovalen terbentuk bila ada dua atom saling menggunakan sepasang elektron secara bersama-sama. Ikatan kovalen merupakan ikatan kimia yang paling kuat dengan rata-rata kekuatan ikatan 1000 kkal/mol. Dengan kekuatan ikatan yang tinggi ini, pada suhu normal ikatan bersifat ireversibel dan hanya dapat pecah bila ada pengaruh katalisator enzim tertentu. Interaksi obat-katalisator melalui ikatan kovalen menghasilkan kompleks yang cukup stabil dan sifat ini dapat digunakan untuk tujuan pengobatan tertentu.
b. Ikatan ion
Ikatan ion adalah ikatan yag dihasilkan oleh daya tarik menarik elektrostatik antara ion-ion yang muatannya berlawanan. Kekuatan tarik-menarik akan makin berkurang bila jarak antar ion makin jauh dan pengurangan tersebut berbanding terbalik dengan jaraknya.
c. Ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen adalah suatu ikatan antara atom H yang mempunyai muatan positif parsial dengan atom lain yang bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas dengan oktet lengkap seperti O, N, F. Atom yang bermuatan positif parsial dapat berinteraksi dengan atom negatif parsial dari molekul atau atom lain yang berbeda ikatan kovalennya dalam satu molekul.
Contoh : H2O
d. Ikatan Van Der Waal’s
Ikatan van der waal’s merupakan kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya berdekatan atau jaraknya ± 4-6 Å. Ikatan ini terjadi karena sifat kepolarisasian molekul atau atom. Meskipun secara individu lemah tetapi hasil penjumlahan ikatan van del waal’s merupakan faktor pengikat yang cukup bermakna terutama untuk senyawa-senyawa yang mempunyai berat molekul tinggi. Ikatan van der waal’s terlibat pada interaksi cincin benzen dengan daerah bidang datar reseptor dan pada interaksi rantai hidrokarbon dengan makromolekul protein atau reseptor.
Nomor 2
cara identifikasi farmakofor :
Tahapan pertama adalah tahapan identifikasi dan produksi senyawa aktif baru yang disebut senyawa induk atau senyawa penuntun (lead compound). Senyawa tersebut dapat diperoleh dari sintesis kimia, isolasi sumber bahan alam atau dari proses bioteknologi.
Tahapan kedua adalah tahapan optimasi yaitu tahapan sintesis modifikasi senyawa induk agar diperoleh senyawa yang lebih poten. lebih selektif dan efek toksik yang minimal. Termasuk tahapan ini adalah penentuan dan analisis hubungan struktur dengan aktivitas biologik senyawa-senyawa hasil modirlkasi.
Tahapan ketiga adalah optimasi proses sintesis dalam jumlah . besar senyawa terpilih dan modiilkasi untuk sifat farmakokinetik dan farmasetik agar menjadi lebih sesuai untuk pemakaian klinik. Termasuk tahapan ini adalah pembuatan formulasi agar absorpsi lebih baik, lebih larut dalam air ataupun untuk lepas lambat. Selain itu juga untuk menghilangkan beberapa sifat yang tidak menyenangkan bagi pasien seperti rasa yang tidak eilak, efek iritasi lambung atau rasa sakit pada pemberian parenteral
Semoga bermanfaat...
Hai aziz .Pemaparannya sangat padat dan mudah dimengerti.
BalasHapusBaiklah, disini saya akan mencoba memberikan opini saya terhadap pertanyaan no 1
A. ikatan kovalen, ikatan ion, ikatan hidrogen, ikatan van der waals
B. Posisi relatif suatu molekul ~ Reseptor dan Konformasi aktif molekul
Selain itu, perbedaannya adalah
1. Ikatan ionik : Atom logam (energi ionisasi rendah) cenderung melepaskan elektronnya, lalu diterima oleh atom nonlogam (afinitas elektron besar). Dari proses transfer elektron dari atom logam ke atom nonlogam ini akan terbentuk ion positif dan ion negatif dengan konfigurasi elektron gas mulia yang saling tarik menarik dengan gaya elektrostatis yang disebut ikatan ionik. Sebagai contoh, dalam pembentukan senyawa ionik NaCl terjadi transfer elektron dari atom Na ke atom Cl.
2. Ikatan kovalen : Atom-atom nonlogam cenderung tidak ingin melepaskan elektronnya (energi ionisasi tinggi) dan ingin menarik elektron-elektron dari atom lainnya (afinitas elektron besar) sehingga terdapat satu atau lebih pasangan elektron yang dipakai untuk berbagi bersama. Ikatan kimia yang terbentuk dari sharing elektron terlokalisasi antara atom ini disebut ikatan kovalen. Sebagai contoh, 2 atom H berikatan kovalen membentuk molekul H2 dan 2 atom Cl berikatan kovalen membentuk molekul Cl2.
3. Ikatan hidrogen : adalah gaya tarik antar-molekul yang terjadi antara atom hidrogen yang terikat dengan atom sangat elektronegatif (N, O, atau F) dan pasangan elektron bebas dari atom sangat elektronegatif lainnya. Ikatan ini muncul sebagaimana ikatan N—H, O—H, dan F—H bersifat sangat polar, di mana muatan parsial positif pada H dan muatan parsial negatif pada atom elektronegatif (N, O, atau F). Sebagai contoh, ikatan hidrogen terdapat pada antar molekul H2O dan antar molekul NH3.
4. Gaya Van Der Waals : terjadi akibat interaksi antara molekul-molekul non polar (Gaya London), antara molekul-molekul polar (Gaya dipole-dipol) atau antara molekul non polar dengan molekul polar (Gaya dipole-dipol terinduksi). Ikatan Van Der Waals terdapat antar molekul zat cair atau padat dan sangat lemah. Contoh gaya van der waals terdapat pada senyawa hidrokarbon. Misalnya pada senyawa CH4
hai Aziz. saya akan mencoba menjawab pertanyaan nomor 1.
BalasHapusperbedaan ikan ion, ikatan kovalen dan ikatan van der waal’s
Ikatan ion adalah ikatan yang dihasilkan oleh daya tarik menarik elektrostatik antara ion-ion yang muatannya berlawanan (+)dan (-), dimana kekuatan tarik menarik akan semakin berkurang bila jarak antar ion makin jauh dan pengurangan tersebut berbanding terbalik dengan jaraknya. sedangkan Ikatan van der waal’s merupakan kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya berdekatan ,Ikatan ini terjadi karena sifat kepolarisasian molekul atau atom. Ikatan kovalen terbentuk bila ada dua atom saling menggunakan sepasang elektron secara bersama-sama.
Terimakasi informasinya aziz. Sangat bermnfaat dan menambah wawasan
BalasHapusHai Aziz, saya akan mencoba menjawab pertanyaan nomor 1, yaitu :
BalasHapus1. Ikatan ionik : Atom logam (energi ionisasi rendah) cenderung melepaskan elektronnya, lalu diterima oleh atom nonlogam (afinitas elektron besar). Dari proses transfer elektron dari atom logam ke atom nonlogam ini akan terbentuk ion positif dan ion negatif dengan konfigurasi elektron gas mulia yang saling tarik menarik dengan gaya elektrostatis yang disebut ikatan ionik. Sebagai contoh, dalam pembentukan senyawa ionik NaCl terjadi transfer elektron dari atom Na ke atom Cl.
2. Ikatan kovalen : Atom-atom nonlogam cenderung tidak ingin melepaskan elektronnya (energi ionisasi tinggi) dan ingin menarik elektron-elektron dari atom lainnya (afinitas elektron besar) sehingga terdapat satu atau lebih pasangan elektron yang dipakai untuk berbagi bersama. Ikatan kimia yang terbentuk dari sharing elektron terlokalisasi antara atom ini disebut ikatan kovalen. Sebagai contoh, 2 atom H berikatan kovalen membentuk molekul H2 dan 2 atom Cl berikatan kovalen membentuk molekul Cl2.
3. Ikatan hidrogen : adalah gaya tarik antar-molekul yang terjadi antara atom hidrogen yang terikat dengan atom sangat elektronegatif (N, O, atau F) dan pasangan elektron bebas dari atom sangat elektronegatif lainnya. Ikatan ini muncul sebagaimana ikatan N—H, O—H, dan F—H bersifat sangat polar, di mana muatan parsial positif pada H dan muatan parsial negatif pada atom elektronegatif (N, O, atau F). Sebagai contoh, ikatan hidrogen terdapat pada antar molekul H2O dan antar molekul NH3.
4. Gaya Van Der Waals : terjadi akibat interaksi antara molekul-molekul non polar (Gaya London), antara molekul-molekul polar (Gaya dipole-dipol) atau antara molekul non polar dengan molekul polar (Gaya dipole-dipol terinduksi). Ikatan Van Der Waals terdapat antar molekul zat cair atau padat dan sangat lemah. Contoh gaya van der waals terdapat pada senyawa hidrokarbon. Misalnya pada senyawa CH4
Hai Aziz, saya akan mencoba menjawab pertanyaan nomor 1, yaitu :
BalasHapus1. Ikatan ionik : Atom logam (energi ionisasi rendah) cenderung melepaskan elektronnya, lalu diterima oleh atom nonlogam (afinitas elektron besar). Dari proses transfer elektron dari atom logam ke atom nonlogam ini akan terbentuk ion positif dan ion negatif dengan konfigurasi elektron gas mulia yang saling tarik menarik dengan gaya elektrostatis yang disebut ikatan ionik. Sebagai contoh, dalam pembentukan senyawa ionik NaCl terjadi transfer elektron dari atom Na ke atom Cl.
2. Ikatan kovalen : Atom-atom nonlogam cenderung tidak ingin melepaskan elektronnya (energi ionisasi tinggi) dan ingin menarik elektron-elektron dari atom lainnya (afinitas elektron besar) sehingga terdapat satu atau lebih pasangan elektron yang dipakai untuk berbagi bersama. Ikatan kimia yang terbentuk dari sharing elektron terlokalisasi antara atom ini disebut ikatan kovalen. Sebagai contoh, 2 atom H berikatan kovalen membentuk molekul H2 dan 2 atom Cl berikatan kovalen membentuk molekul Cl2.
3. Ikatan hidrogen : adalah gaya tarik antar-molekul yang terjadi antara atom hidrogen yang terikat dengan atom sangat elektronegatif (N, O, atau F) dan pasangan elektron bebas dari atom sangat elektronegatif lainnya. Ikatan ini muncul sebagaimana ikatan N—H, O—H, dan F—H bersifat sangat polar, di mana muatan parsial positif pada H dan muatan parsial negatif pada atom elektronegatif (N, O, atau F). Sebagai contoh, ikatan hidrogen terdapat pada antar molekul H2O dan antar molekul NH3.
4. Gaya Van Der Waals : terjadi akibat interaksi antara molekul-molekul non polar (Gaya London), antara molekul-molekul polar (Gaya dipole-dipol) atau antara molekul non polar dengan molekul polar (Gaya dipole-dipol terinduksi). Ikatan Van Der Waals terdapat antar molekul zat cair atau padat dan sangat lemah. Contoh gaya van der waals terdapat pada senyawa hidrokarbon. Misalnya pada senyawa CH4
Saya akan mencoba menjawab pertanyaan nomor 1, yaitu :
BalasHapus1. Ikatan ionik : Atom logam (energi ionisasi rendah) cenderung melepaskan elektronnya, lalu diterima oleh atom nonlogam (afinitas elektron besar). Dari proses transfer elektron dari atom logam ke atom nonlogam ini akan terbentuk ion positif dan ion negatif dengan konfigurasi elektron gas mulia yang saling tarik menarik dengan gaya elektrostatis yang disebut ikatan ionik. Sebagai contoh, dalam pembentukan senyawa ionik NaCl terjadi transfer elektron dari atom Na ke atom Cl.
2. Ikatan kovalen : Atom-atom nonlogam cenderung tidak ingin melepaskan elektronnya (energi ionisasi tinggi) dan ingin menarik elektron-elektron dari atom lainnya (afinitas elektron besar) sehingga terdapat satu atau lebih pasangan elektron yang dipakai untuk berbagi bersama. Ikatan kimia yang terbentuk dari sharing elektron terlokalisasi antara atom ini disebut ikatan kovalen. Sebagai contoh, 2 atom H berikatan kovalen membentuk molekul H2 dan 2 atom Cl berikatan kovalen membentuk molekul Cl2.
3. Ikatan hidrogen : adalah gaya tarik antar-molekul yang terjadi antara atom hidrogen yang terikat dengan atom sangat elektronegatif (N, O, atau F) dan pasangan elektron bebas dari atom sangat elektronegatif lainnya. Ikatan ini muncul sebagaimana ikatan N—H, O—H, dan F—H bersifat sangat polar, di mana muatan parsial positif pada H dan muatan parsial negatif pada atom elektronegatif (N, O, atau F). Sebagai contoh, ikatan hidrogen terdapat pada antar molekul H2O dan antar molekul NH3.
4. Gaya Van Der Waals : terjadi akibat interaksi antara molekul-molekul non polar (Gaya London), antara molekul-molekul polar (Gaya dipole-dipol) atau antara molekul non polar dengan molekul polar (Gaya dipole-dipol terinduksi). Ikatan Van Der Waals terdapat antar molekul zat cair atau padat dan sangat lemah. Contoh gaya van der waals terdapat pada senyawa hidrokarbon. Misalnya pada senyawa CH4
Jawaban nomor 1 yaitu
BalasHapus1. Ikatan ionik : Atom logam (energi ionisasi rendah) cenderung melepaskan elektronnya, lalu diterima oleh atom nonlogam (afinitas elektron besar). Dari proses transfer elektron dari atom logam ke atom nonlogam ini akan terbentuk ion positif dan ion negatif dengan konfigurasi elektron gas mulia yang saling tarik menarik dengan gaya elektrostatis yang disebut ikatan ionik. Sebagai contoh, dalam pembentukan senyawa ionik NaCl terjadi transfer elektron dari atom Na ke atom Cl.
2. Ikatan kovalen : Atom-atom nonlogam cenderung tidak ingin melepaskan elektronnya (energi ionisasi tinggi) dan ingin menarik elektron-elektron dari atom lainnya (afinitas elektron besar) sehingga terdapat satu atau lebih pasangan elektron yang dipakai untuk berbagi bersama. Ikatan kimia yang terbentuk dari sharing elektron terlokalisasi antara atom ini disebut ikatan kovalen. Sebagai contoh, 2 atom H berikatan kovalen membentuk molekul H2 dan 2 atom Cl berikatan kovalen membentuk molekul Cl2.
3. Ikatan hidrogen : adalah gaya tarik antar-molekul yang terjadi antara atom hidrogen yang terikat dengan atom sangat elektronegatif (N, O, atau F) dan pasangan elektron bebas dari atom sangat elektronegatif lainnya. Ikatan ini muncul sebagaimana ikatan N—H, O—H, dan F—H bersifat sangat polar, di mana muatan parsial positif pada H dan muatan parsial negatif pada atom elektronegatif (N, O, atau F). Sebagai contoh, ikatan hidrogen terdapat pada antar molekul H2O dan antar molekul NH3.
4. Gaya Van Der Waals : terjadi akibat interaksi antara molekul-molekul non polar (Gaya London), antara molekul-molekul polar (Gaya dipole-dipol) atau antara molekul non polar dengan molekul polar (Gaya dipole-dipol terinduksi). Ikatan Van Der Waals terdapat antar molekul zat cair atau padat dan sangat lemah. Contoh gaya van der waals terdapat pada senyawa hidrokarbon. Misalnya pada senyawa CH4
Assalammu'alaikum Aziz,terkait pertanyaan no 2 saya akan mencoba menjawab yaitu perbedaan ikan ion, ikatan kovalen dan ikatan van der waal’s ,,
BalasHapusIkatan ion adalah ikatan yang dihasilkan oleh daya tarik menarik elektrostatik antara ion-ion yang muatannya berlawanan (+)dan (-), dimana kekuatan tarik menarik akan semakin berkurang bila jarak antar ion makin jauh dan pengurangan tersebut berbanding terbalik dengan jaraknya. sedangkan Ikatan van der waal’s merupakan kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya berdekatan ,Ikatan ini terjadi karena sifat kepolarisasian molekul atau atom. Ikatan kovalen terbentuk bila ada dua atom saling menggunakan sepasang elektron secara bersama-sama.
Selamat malam aziz ,saya akan mencoba menjawab :
1. ikatan kovalen, ikatan ion, ikatan hidrogen, ikatan van der waals
2. Posisi relatif suatu molekul ~ Reseptor dan Konformasi aktif molekul
Komentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapusJawaban no 3
BalasHapusStruktur tiga dimensi farmakofor
Mendefinisikan posisi relative di ruang kelompok pengikat penting. konformasi aktif diadopsi oleh suatu obat ketika terikat dengan site target. identifikasi konformasi aktif dilakukan untuk mengidentifikasi farmakofor 3D.
Jawaban no 3
BalasHapusStruktur tiga dimensi farmakofor
Mendefinisikan posisi relative di ruang kelompok pengikat penting. konformasi aktif diadopsi oleh suatu obat ketika terikan tengan site target. identifikasi konformasi aktif dilakukan untuk mengidentifikasi farmakofor 3D.
Hai Azis tulisan Nya sangat bermanfaat. Mau nanya dong kalau menurut Azis lebih menguntungkan identifikasi farmakopor molekul obat dari bahan alam atau dari bahan sintetik?
BalasHapushay azis saya ingin mencoba menjawab soal nomor 3. menurut saya yaitu pharmachopor itu susunan virtual 3D yang menggambarkan ikatan antara ligan dan gugus tertentu. Dengan mengidentifikasi pharmachopor suatu molekul obat, sangat berpotensi untuk ditemukannya obat baru dengan cara memutuskan ikatan2 tertentu pada molekul obat sehingga memiliki efikasi farmakologis yang lebih baik dengan efek samping yang lebih rendah dan para yang mengkonsumsi obat juga aman
BalasHapusHay aziz,mau nnya ni menurut anda apakah metode rapid ini lebih baik dibanding metode lainya?
BalasHapusHai azis
BalasHapusKenapa farmokofor itu penting kita ketahui?
Hai azis
BalasHapusKenapa farmofor itu pentingvuntuk kita ketahui?
Halo aziz
BalasHapusPenjelasannya sangat membantu
Terimakasih :)
BalasHapussaya akan mnjwab pertanyaan nmr 2
dari artikel yg saya baca bahwa menentukan Identifikasi farmakofor yaitu
· Menentukan posisi 3D obat dengan target
· Mengetahui gugus penting dapat terikat dengan reseptor
· Untuk mengetahui konformasi aktif dari molekul
· Penting sebagai dasar merancang obat
· Penting dalam hal menemukan obat baru
Saya akan mencoba menjawab pertanyaan no 6 . Menurut saya konformasi aktif yang stabil akan membentuk struktur 3 dimensi yang stabil. Dimana pengertian dari konformasi sendiri merupakan penataan ruang dari atom-atom dalam molekul. Sehingga bila tata ruang atom-atom tersebut stabil maka struktur 3 dimensinya juga akan stabil.
BalasHapushay aziz, artikel anda menarik sekali
BalasHapussaya akan mencoba menjawab pertanyaan nmor 2
cara-cara dalam identifikasi farmakofor natara lain :
1. Pilih satu set ligan pelatihan - Pilihlah kumpulan molekul yang beragam secara struktural yang akan digunakan untuk mengembangkan model farmakofor. Sebagai model farmakofor harus dapat membedakan antara molekul dengan dan tanpa bioaktivitas, himpunan molekul harus mencakup senyawa aktif dan tidak aktif.
2. Analisis konformasional - Buat satu set konformasi energi rendah yang cenderung mengandung konformasi bioaktif untuk masing-masing molekul yang dipilih.
3. Superimposisi molekul - Superimpose ("fit") semua kombinasi konformasi energi rendah dari molekul. Kelompok fungsional serupa (bioisosterik) yang umum untuk semua molekul dalam himpunan dapat dipasang (mis., Cincin fenil atau gugus asam karboksilat). Himpunan konformasi (satu konformasi dari masing-masing molekul aktif) yang menghasilkan kecocokan terbaik dianggap sebagai konformasi aktif.
4. Abstraksi - Transformasi molekul yang dilapiskan menjadi representasi abstrak. Sebagai contoh, cincin fenil yang dilapiskan dapat disebut secara lebih konseptual sebagai elemen 'batang aromatik' farmakofor. Demikian juga, gugus hidroksi dapat ditunjuk sebagai elemen farmakofor donor / akseptor hidrogen-ikatan.
5. Validasi - Model farmakofor adalah hipotesis yang menghitung aktivitas biologis yang diamati dari sekumpulan molekul yang mengikat target biologis yang sama. Model ini hanya berlaku sejauh ia mampu menjelaskan perbedaan aktivitas biologis dari berbagai molekul.
Assalamualaikum Aziz Ahmad Dinata,dalam metode ini memang terdapat beberapa ikaatan yang mendasari, diantaranya:
BalasHapusa. Ikatan Kovalen
Ikatan kovalen terbentuk bila ada dua atom saling menggunakan sepasang elektron secara bersama-sama. Ikatan kovalen merupakan ikatan kimia yang paling kuat dengan rata-rata kekuatan ikatan 1000 kkal/mol. Dengan kekuatan ikatan yang tinggi ini, pada suhu normal ikatan bersifat ireversibel dan hanya dapat pecah bila ada pengaruh katalisator enzim tertentu. Interaksi obat-katalisator melalui ikatan kovalen menghasilkan kompleks yang cukup stabil dan sifat ini dapat digunakan untuk tujuan pengobatan tertentu.
b. Ikatan ion
Ikatan ion adalah ikatan yag dihasilkan oleh daya tarik menarik elektrostatik antara ion-ion yang muatannya berlawanan. Kekuatan tarik-menarik akan makin berkurang bila jarak antar ion makin jauh dan pengurangan tersebut berbanding terbalik dengan jaraknya.
c. Ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen adalah suatu ikatan antara atom H yang mempunyai muatan positif parsial dengan atom lain yang bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas dengan oktet lengkap seperti O, N, F. Atom yang bermuatan positif parsial dapat berinteraksi dengan atom negatif parsial dari molekul atau atom lain yang berbeda ikatan kovalennya dalam satu molekul.
Contoh : H2O
d. Ikatan Van Der Waal’s
Ikatan van der waal’s merupakan kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya berdekatan atau jaraknya ± 4-6 Å. Ikatan ini terjadi karena sifat kepolarisasian molekul atau atom. Meskipun secara individu lemah tetapi hasil penjumlahan ikatan van del waal’s merupakan faktor pengikat yang cukup bermakna terutama untuk senyawa-senyawa yang mempunyai berat molekul tinggi. Ikatan van der waal’s terlibat pada interaksi cincin benzen dengan daerah bidang datar reseptor dan pada interaksi rantai hidrokarbon dengan makromolekul protein atau reseptor.
Alhamdulillah dengan membaca artikel ini, saya bisa mengetahui bagaimana cara identifikasi farmakofor.
BalasHapusAlhamdulillah dengan membaca artikel ini, saya bisa mengetahui bagaimana cara identifikasi farmakofor.
BalasHapusAlhamdulillah dengan membaca artikel ini, saya bisa mengetahui bagaimana cara identifikasi farmakofor.
BalasHapushay azis saya ingin mencoba menjawab soal nomor 3. menurut saya yaitu pharmachopor itu susunan virtual 3D yang menggambarkan ikatan antara ligan dan gugus tertentu. Dengan mengidentifikasi pharmachopor suatu molekul obat, sangat berpotensi untuk ditemukannya obat baru dengan cara memutuskan ikatan2 tertentu pada molekul obat sehingga memiliki efikasi farmakologis yang lebih baik dengan efek samping yang lebih rendah dan para yang mengkonsumsi obat juga aman
BalasHapusHhalooo aziz, dsni sy akan jwb no 3 Struktur tiga dimensi farmakofor
BalasHapusMendefinisikan posisi relative di ruang kelompok pengikat penting. konformasi aktif diadopsi oleh suatu obat ketika terikat dengan site target. identifikasi konformasi aktif dilakukan untuk mengidentifikasi farmakofor 3D.
hai Aziz. saya akan mencoba menjawab pertanyaan nomor 1.
BalasHapusperbedaan ikan ion, ikatan kovalen dan ikatan van der waal’s
Ikatan ion adalah ikatan yang dihasilkan oleh daya tarik menarik elektrostatik antara ion-ion yang muatannya berlawanan (+)dan (-), dimana kekuatan tarik menarik akan semakin berkurang bila jarak antar ion makin jauh dan pengurangan tersebut berbanding terbalik dengan jaraknya. sedangkan Ikatan van der waal’s merupakan kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya berdekatan ,Ikatan ini terjadi karena sifat kepolarisasian molekul atau atom. Ikatan kovalen terbentuk bila ada dua atom saling menggunakan sepasang elektron secara bersama-sama.
Hallo Aziz.
BalasHapusSaya akan menjawab pertanyaan nomor 1.
Perbedaan dari 4 ikatan yang mendasari identifikasi farmakofor yaitu:
1. Ikatan ionik : Atom logam (energi ionisasi rendah) cenderung melepaskan elektronnya, lalu diterima oleh atom nonlogam (afinitas elektron besar). Dari proses transfer elektron dari atom logam ke atom nonlogam ini akan terbentuk ion positif dan ion negatif dengan konfigurasi elektron gas mulia yang saling tarik menarik dengan gaya elektrostatis yang disebut ikatan ionik. Sebagai contoh, dalam pembentukan senyawa ionik NaCl terjadi transfer elektron dari atom Na ke atom Cl.
2. Ikatan kovalen : Atom-atom nonlogam cenderung tidak ingin melepaskan elektronnya (energi ionisasi tinggi) dan ingin menarik elektron-elektron dari atom lainnya (afinitas elektron besar) sehingga terdapat satu atau lebih pasangan elektron yang dipakai untuk berbagi bersama. Ikatan kimia yang terbentuk dari sharing elektron terlokalisasi antara atom ini disebut ikatan kovalen. Sebagai contoh, 2 atom H berikatan kovalen membentuk molekul H2 dan 2 atom Cl berikatan kovalen membentuk molekul Cl2.
3. Ikatan hidrogen : adalah gaya tarik antar-molekul yang terjadi antara atom hidrogen yang terikat dengan atom sangat elektronegatif (N, O, atau F) dan pasangan elektron bebas dari atom sangat elektronegatif lainnya. Ikatan ini muncul sebagaimana ikatan N—H, O—H, dan F—H bersifat sangat polar, di mana muatan parsial positif pada H dan muatan parsial negatif pada atom elektronegatif (N, O, atau F). Sebagai contoh, ikatan hidrogen terdapat pada antar molekul H2O dan antar molekul NH3.
4. Gaya Van Der Waals : terjadi akibat interaksi antara molekul-molekul non polar (Gaya London), antara molekul-molekul polar (Gaya dipole-dipol) atau antara molekul non polar dengan molekul polar (Gaya dipole-dipol terinduksi). Ikatan Van Der Waals terdapat antar molekul zat cair atau padat dan sangat lemah. Contoh gaya van der waals terdapat pada senyawa hidrokarbon. Misalnya pada senyawa CH4.
Terimakasih.
Artikelnya sangat membantu sekali dan bermanfaat, termakasih ya.
BalasHapusArtikelnya sangat membantu sekali dan bermanfaat, termakasih ya.
BalasHapus